1959年德国开始筹备组建一批新的大学，“乌尔姆大学工作组”在1961年3月提出了创建乌尔姆大学的设想。当时乌尔姆与巴登-符腾堡州的另一个城市康斯坦茨相互竞争，两个城市都在筹备建立大学，后来乌尔姆人认为医科将是未来乌尔姆大学的一个很好的选择和优势：竞争对手康斯坦茨地处德国边境，就医的病人不多，因此康斯坦茨的医科毕业生将很难获得就业机会。正因为如此，创建之初的乌尔姆大学以医学和自然科学为特色。

 

　　1962年巴登-符腾堡州政府提议在乌尔姆建立一所医学院，1965年7月“乌尔姆大学工作组”向巴登-符腾堡州政府提交了关于创建“乌尔姆医学和自然科学高等学校”（Medizinisch-Naturwissenschaftliche Hochschule）的报告，1966年1月报告获得了批准。虽然筹建阶段也曾有过创建综合性大学的设想，但是由于专业范围限制未能实现。1967年2月25日，“乌尔姆医学和自然科学高等学校”正式成立，同年7月4日被授予“综合性大学”（Universität）称号，但“乌尔姆医学和自然科学大学”的称号仍伴随了大学很长一段时间。1986年，乌尔姆大学在乌尔姆科技园里建立了糖尿病研究所和激光治疗研究所。

　　如今，乌尔姆大学有学生7117人（2007），教师1045人，其中教授221名。大学拥有自然科学、工程学和计算机科学、数学和经济学以及医学4个系，数十个专业。在1999年《明镜》周刊德国大学评比中，乌尔姆大学总分第10名。在由德国研究联合会（Deutsche Forschungsgemeinschaft，简称DFG）与联邦教育和研究部（Bundesministerium für Bildung und Forschung，简称BMBF）举办的“精英大学倡议”（Elite-Uni/Exzellenzinitiative）第二轮评比中：乌尔姆分子医学国际研究院（International Graduate School in Molecular Medicine Ulm）是获奖的研究生院之一。