大学在管理上实行自治，其领导组织机构主要由校(院)长、学术委员会、管理委员会、学术评议会、分院长(或系主任)组成，他们的产生及其职责是：

1)校长(rettore)或院长(direttore)是学校的最高负责人，对外代表学校，对内全面负责学校的各项工作，包括领导学术委员会、管理委员会、学术评议会并执行其决议，任命分院长(preside di facolta)或系主任(direttore di dipartimento)，向上级主管部门呈报年度工作报告等;校院长由校学术委员会多数票选举产生，政府主管部门任命，任期三年并可连任。

2)学术委员会(corpo accademico)由全体教授、返聘副教授组成，其中最年长者和最年轻者分别担任委员会的主任和秘书;学术委员会的职能是选举校领导并就学校重大问题发表意见。当选的校院长要报主管部门批准任命。

3)管理委员会(consiglio di ammisttrazione)由校院长、管理委员会主任、教职工代表、学生代表、资方代表、政府主管部门提名的代表、大区和当地政府代表(包括省财政监督员)等组成;其主要任务是讨论决定学校发展计划、建设计划、预决算、拨款经费和留用基金的使用、校有资产的监护、校内人员的调配和任课教师的聘用、管理规章的制定、有关合同协议的签署等等。

4)学术评议会(senato accaademico)由校院长和各系主任组成，开会时还吸收管理委员会主任参加。学术评议会由校长主持，主要是研究决定学校的总课程表以及招生、考试、毕业等问题;评议会平时每两个月召开一次，学生毕业前召开一次;此外，学校还根据情况设立教学科研检查委员会、系(院)务委员会、考试委员会、毕业班委员会、学生福利委员会等。

从六十年代开始，意大利政府在大学教育的改革上曾进行过多方面的尝试，为了使高等教育更好地适应社会政治经济的发展，先后出台了四项重大改革措施：一是1969年，为使青年学生在接受大学教育方面有平等的权利和均等的机会，政府颁布了第910号法令，宣布取消大学的入学考试，同时规定凡持有高中毕业文凭的学生均可免试进入大学学习;二是1980年，通过了关于开设博士研究生课程和设立博士一级学位的法令并定于1982年开始招收第一批博士研究生;三是1989年，为实行大学自治，吸引社会集团乃至私人企业向大学投资，合作开发项目，通过了一项大学改革法案(因此法案是由当时的大学科研部部长卢贝尔梯主持起草的，故被称之为“卢贝尔梯法”)，该法在改革思路上有许多独到之处，但在全国则引发了一场规模学湖甚至发展到很严重的地步;四是1992 年，正式通过了1990年制定的“大学体制改革法”，决定引入欧洲通行的“中间教育体系”(sistema medio，类似于我国的大专系列)，使大学教育把过去单一的本科教学同专科教学、专业培训融为一体。