神户大学是日本第二所商业大学，现有11个学部，以经营学最负盛名，是日本现代经营学研究的发祥地，同时，神户大学也是日本经济学法学研究的重镇之一。作为神大历史最为悠久的三个学部，也得到了很高社会评价，尤其在财界，这三个学部的毕业生极多。常有“东一桥，西神大”的说法。

　　神户大学设有文学部（人文学科）、国际文化学部（国际文化学科）、发达科学部（人类形成学科、人类行动学科、人类表现学科、人类环境学科）、法学部（法律学科）、经济学部（经济学科）、经营学部（经营学科）、理学部（数学科、物理学科、化学科、生物学科、地球行星科学科）、医学部（医学科、保健学科）、工学部（建筑学科、市民工学科、电气电子工学科、机械工学科、应用化学科、情报智能工学科）、农学部（食料环境系统学科、资源生命科学科、生命机能科学科）、海洋科学部（海洋技术经营管理学科、海洋物流科学科、海洋工学技术学科）。

　　大学院设有人文学研究科、国际文化学研究科、人类发达环境学研究科、法学研究科、经济学研究科、经营学研究科、理学研究科、医学研究科、保健学研究科、工学研究科、农学研究科、海事科学研究科、国际协力研究科。2010年，日本在神户人工岛筹建世界最新进的超级计算机，神户大学与之对应，将原工学研究科的系统情报研究科独立出来，成立了系统情报学研究科，设立计算科学，系统科学和情报科学三个专攻。